Hệ thống đánh dấu mã vạch DNA mini để xác thực các sản phẩm các đã qua chế biến. Phần 6
Vật liệu và Phương pháp
Chiến lược Tối ưu hóa PCR mã vạch mini. Các điều kiện khuếch đại đối với tất cả các bộ mồi đã được thử nghiệm bằng cách sử dụng một phương pháp tiếp cận PCR độ dốc trong khoảng nhiệt độ ủ lớn (43-60°C). Thành phần của các phản ứng khuếch đại, các điều kiện khuếch đại PCR (trừ nhiệt độ ủ), và các điều kiện sắp xếp chuỗi giống như những gì được sử dụng trước đây để khuếch đại và lập trình tự chuỗi của mã vạch đủ dài. Nhiệt độ ủ tối ưu của mỗi mồi được xác định dựa trên các kết quả của quá trình
Hệ thống đánh dấu mã vạch DNA mini để xác thực các sản phẩm các đã qua chế biến. Phần 5
Bộ mồi COI vừa được thiết kế đã được sử dụng để khuếch đại mã vạch DNA đủ dài trong 96 mẫu đã được chứng thực từ FDA. Để so sánh, một cocktail mồi được thiết kế trước đó cũng được sử dụng để khuếch đại các mẫu này27. Các chuỗi COI được tạo ra từ các mẫu chứng thực, cùng với các chuỗi COI duy nhất được tải xuống từ GenBank và BOLD, sau đó được sử dụng để thiết kế các bộ mồi mã vạch mini để khuếch đại các đoạn cục bộ trong vùng mã vạch chuẩn COI
Hệ thống đánh dấu mã vạch DNA mini để xác thực các sản phẩm các đã qua chế biến. Phần 3
Vật liệu và Phương pháp
Thu thập mẫu. Tổng cộng có 96 mẫu mô cơ cá đã được thẩm định đã được thập, đại diện cho 88 loài khác nhau. Các mẫu mô cá được cung cấp bởi FDA - Trung tâm An toàn Thực phẩm và Dinh dưỡng Ứng dụng (Tài liệu bổ sung-Bảng S1). Những mẫu này được lấy từ Thư viện Trình tự Tiêu chuẩn Tham chiếu của FDA về Nhận dạng Hải sản (http://www.fda.gov/Food/FoodScienceResearch/DNASeafoodIdentification/ucm238880.htm) và tất cả đều được liên kết với các mẫu đã được chứng thực. Các mẫu này được sử dụng để xây dựng một thư viện mã vạch DNA, như mô tả dưới đây. Ngoài ra chúng được sử dụng để tối ưu hóa các mồi mã vạch mini được bố trí trong nghiên cứu này. Để phân tích mồi mã vạch mini với các sản phẩm thương mại, tổng cộng 44 sản phẩm thủy sản chế biến nặng
Hệ thống đánh dấu mã vạch DNA mini để xác thực các sản phẩm các đã qua chế biến. Phần 4
Thiết kế mồi PCR và kiểm định in silico. Tổng số 8845 mã vạch COI của cá đã được tải xuống từ GenBank (n = 1894) và Cơ sở dữ liệu Barcode of Life (BOLD; n = 6951) sử dụng FDA Seafood List (http://www.accessdata.fda.gov/scripts/fdcc/?set=seafoodlist) làm hướng dẫn cho các loài mục tiêu. Tất cả các chuỗi đã được sắp xếp và nhiều bản sao của các trình tự giống nhau đã được gỡ bỏ. Các nucleotide thoái hoá và inosine được sử dụng để thiết kế thủ công một bộ mồi COI cá để khuếch đại 652 bp-vùng mã vạch chuẩn trong một loạt các loài cá (Bảng 1).
Hình 1. Các sản phẩm cá thương phẩm được sử dụng để xác thực mã vạch mini DNA.
Shadi Shokralla , Rosalee S. Hellberg, Sara M. Handy, Ian King và Mehdrad Hajibabaei
Hệ thống đánh dấu mã vạch DNA mini để xác thực các sản phẩm các đã qua chế biến. Phần 2
Mã vạch DNA được chỉ định để xác định các loài động vật là một đoạn ngắn ~ 650-bp của gen mitochonialase mã hóa đối với cytochrome c oxidase 1 (COI) 5,8. Một số nghiên cứu đã cho thấy khả năng áp dụng mã vạch DNA để xác định chính xác một số lượng lớn các loài cá9,10. Gần đây, mã vạch DNA đã được sử dụng như là một công cụ nhận diện loài để xác nhận thực phẩm và các vấn đề về an toàn, kể cả việc dán nhãn sản phẩm không đúng11,12, thay thế thành phần2 hoặc ô nhiễm thực phẩm6,13 cũng như đối với việc sử dụng theo luật định14. Các phương pháp dựa trên DNA cũng có thể được sử dụng để giám sát việc buôn bán bất hợp pháp liên quan
